Небольшую часть накопительной культуры или пробы планктона, содержащей достаточное количество клеток и/или колоний (цепочек) нужного вида, помещают в чашку Петри диаметром 55 или 90 мм или в счетную камеру «Седвик-Рафтер» (Sedgewick Rafter Counting Сells) объемом 1 мл и изолируют одну клетку или одну колонию стерильной капиллярной пипеткой. В течение 10–15 мин изолированную клетку или колонию отмывают от сопутствующего фитопланктона путем трехкратного перенесения в капли стерильной морской воды, нанесенные на стерильное предметное стекло. Затем изолированную и отмытую клетку или колонию стерильной пипеткой переносят в стерильные чашки Петри с питательной средой f. Одна клетка и/или колония помещается в одну чашку Петри. Для успешного получения монокультуры необходимо изолировать не менее 10 клеток и/или колоний.
Чашки Петри с изолированными клетками и/или колониями помещают в климатостат и экспонируют при температуре 18±2°С и освещенности 3500 лк люминесцентными лампами со свето-темновым периодом 12 ч свет/12 ч темнота в течение 3–4 сут (для отдельных видов, например, P. calliantha, чашки с изолированными клетками и/или колониями экспонируют в течение 7–10 сут). Затем содержимое всех чашек просматривают под микроскопом и, в случае увеличения количества клеток и/или колоний, повторяют процесс их изолирования до получения альгологически чистой культуры (монокультуры), которая характеризуется отсутствием в чашках других видов микроводорослей и наличием 2–3 одиночных клеток и/или колоний нужного вида в поле зрения. Затем суспензию клеток из чашки, в которой была монокультура, переносят в коническую колбу Эрленмейера объемом 100 мл, содержащую 50–70 мл питательной среды f; по мере возрастания концентрации клеток в суспензии объем среды постепенно увеличивают. Плотность засева должна составлять не менее 1000 клеток/мл.